Al Poder Ejecutivo, a través del Gabinete Ministerial de la Innovación, le compete la fijación de los lineamientos políticos y estratégicos en materia de ciencia, tecnología e innovación. La Agencia se comunicará con el Poder Ejecutivo a través del Gabinete Ministerial de la Innovación, presidido por el Ministerio de Educación y Cultura. El Poder Ejecutivo aprobará el Plan Estratégico Nacional en Ciencia, Tecnología e Innovación (PENCTI).