La Comisión formulará el presupuesto de gastos y sueldos y lo elevará a la aprobación del Poder Ejecutivo, con intervención del Tribunal de Cuentas, para su inclusión en el proyecto de Presupuesto General de Gastos del Estado.
Los gastos que demande el funcionamiento del organismo serán de cargo del Fondo de Diferencias Cambiarias.
El personal del Contralor será designado por la Comisión con el requisito de examen o concurso de méritos y previa ratificación del Poder Ejecutivo.
La Comisión por seis votos conformes podrá exonerar al mismo, con aprobación del Poder Ejecutivo, en Consejo de Ministros, por razones de mejor servicio o por causales comprobadas.