El FONDES tendrá dos particiones: una administrada por el Instituto Nacional del Cooperativismo (INACOOP) y la otra administrada por la Agencia Nacional de Desarrollo (ANDE).
Cada una de las instituciones administradoras instrumentará a partir de los patrimonios de afectación respectivos los medios humanos y materiales para el funcionamiento de la partición respectiva.
Cada partición se organizará en fondos o sub fondos, de acuerdo con los objetivos específicos perseguidos, conforme a lo que disponga la institución administradora.
La gestión fiduciaria de estos fondos o sub fondos será realizada por fiduciario financiero profesional autorizado a operar como tal por el Banco Central del Uruguay, a quien mediante el o los contratos de fideicomiso correspondientes se trasmitirá la propiedad financiera de los recursos del FONDES. El fiduciario será seleccionado de acuerdo con lo previsto en el numeral 1) del literal C) del artículo 33 del Texto Ordenado de Contabilidad y Administración Financiera del Estado (TOCAF).
Cada una de las particiones se denominará genéricamente como FONDES seguido del nombre de la institución que realice su administración.