La Secretaría Nacional del Deporte tendrá un Secretario Nacional del Deporte quién será el jerarca de este organismo, un Subsecretario Nacional del Deporte y un Gerente Nacional del Deporte. Tendrá asimismo un Coordinador de Área Deporte Comunitario, un Coordinador de Área Deporte y Educación, un Coordinador de Área Deporte Federado y un Coordinador de Área Programas Especiales.
Los mencionados cargos tienen el carácter de particular confianza en las condiciones previstas en los artículos 87 y 88 de la Ley N° 19.355 de 19 de diciembre de 2015.